朱樹勳於1937年出生於台灣屏東市，1964年自台大醫學院醫科(後來改稱醫學系)畢業，在台大醫院接受心臟外科訓練。當時台灣開心手術成功率大約只有一半。1971年他到美國德州心臟醫學中心師事國際聞名的心臟外科權威Dr. Denton A. Cooley，兩年內學了很多心臟外科的技術。1971年台灣退出聯合國。朱樹勳要回國時很多親友反對，但他還是堅持回國，在台大醫院引進德州的開心技術。不久開心手術的成功率逐漸提升到九成以上。
1976年奉派至中美中薩爾瓦多共和國擔任國家心臟血管計劃顧問，一個月中為10個病人做開心手術皆順利成功.駐薩國大使館及在地華僑皆感到與有榮焉。
面對複雜難以開刀的心臟病人，皆面對挑戰，永不放棄，設法研究新的開刀方法，或引進國外或自己創新的開刀方法，共有22項台灣首例的開心手術，如1973年的冠狀動脈繞道手術、1975年的主動脈瘤切除手術、1985年完成同種心臟瓣膜置換、1977年的複雜性先天性心臟病的手術等。
心肌衰竭的病人無法用開刀來糾正，唯一的辦法就是心臟移植。
1987年成功完成了國內第一例人體「正位心臟移植」。正位心臟移植是將病人嚴重衰竭的心臟切除，換上一個腦死供體的正常心臟。
1989年完成了亞洲第一例「異位心臟移植」，當時得到一個比較小的供心，如果要做「正位心臟移植」，可能供心無法負責病人的循環，因此改為「異位心臟移植」，不把病人的心臟切除，而把供心放在病人心臓的右側，讓兩個心臟的心房及動靜脈皆串聯起來，兩個心臟各跳各的，共同負責病人整體的循環，病人終於康復出院。「異位心臟移植」，可使用不甚理想的供心，增加病人移植的機會。
1999年成功完成了台灣第一例心肺同時移植。病人是肺動脈高壓合併心臟衰竭，只好心肺一併移植，病人順利出院。
1995年擔任台大醫院副院長.在此之前一百多年來台大醫院醫師皆領固定薪水，按年資及教職發給，對病人服務的績效不計入薪資，因此醫師薪水比財團法人醫院少很多，台大醫師離職率逐年增加，要留住人才必須把醫師的固定薪水改成變動薪水，即按服務量多寡加給績效獎金。經過多次與教育部及行政院溝通、1996年10月行政院批准，並回溯自1996年7月1日。從此改變了過去一百多年來臺大醫院醫師固定薪資制度，離職主治醫師大為減少。
1999年台大醫院與亞東醫院簽訂建教合作，朱樹勳轉到亞東醫院當院長。當年亞東醫院還是區域醫院，上任後立即朝醫學中心邁進，積極發展急重症醫療、提升醫療品質、重視教學與研究及鼓勵發表論文，同仁積極配合參與，病人逐年增加。經過六年的努力，終於達到參與醫學中心的評鑑的資格(舊制)，2006年一舉通過，成為新北市的唯一醫學中心。
2001年在亞東醫院的第一次心臟移植，無意創造了世界唯一的三心人。病人接受「正位心臟醫移」後，不能脫離人工心肺機，將他裝上葉克膜維持生命。第二天得到另一個供心，進行「異位心臟移植」，串連兩個供心共同負擔病人的循環，病人順利出院。因為有兩個供心加上病人體內還有留下自己的心房故稱之為三心人。
獲獎紀錄：
1974年國際青商會中華民國總會第十二屆十大傑出青年。
2005年第十六屆國家品質獎個人獎。
2020年台灣外科醫學會首屆終身成就獎。
2020年第30屆醫療奉獻獎
